严格讲，孔子不姓孔，孔是他的氏，不是他的姓。在他那个时代，姓跟氏是分开的。姓不大变，爷爷姓什么，孙子跟着姓什么；氏经常变，爷爷一辈儿以张为氏，爸爸这辈儿以李为氏，到了孙子，可能就改成以赵为氏了。一个人以什么为氏，几乎可以自由选择，既能以做官的地方为氏，也能以父辈的名字为氏，既能以官职为氏，也能以排行为氏。比如说，张小明的爸爸在郑州做官，那么张小明就能以郑为氏，改叫郑小明。再比如说，张小明排行老二，二就是仲，以排行为氏，他又可以改叫仲小明。不管以什么为氏，姓是始终不改的，归根结底，还是姓张。
孔子的先祖是商朝皇族，跟商王一个姓。商王姓子，孔子当然也姓子，所以我们要是用姓来尊称他的话，就不叫他“孔子”了，得叫他“子子”。当然，这样叫很怪。
商朝灭亡后，孔子的先祖，被安排到现在河南商丘一带生活，生活了若干代，一位牛人横空出世，名叫孔父嘉。孔父嘉是孔子的六世祖，他当然也姓子，孔父是他的字，嘉是他的名，把字放在名的前面，合起来称呼一个人，是春秋时的风俗。像刘备刘玄德，如果穿越时空来到春秋时期，人们会叫他“玄德备”；同样道理，张飞张翼德到了春秋时期，人们会叫他“翼德飞”。
在孔父嘉之前，孔子的先祖以什么为氏不得而知；在孔父嘉之后，孔子的先祖开始以孔父嘉的名字为氏，把“子”这个姓搁起来不用，从此人人皆“孔”了。孔子为什么叫孔子，这就是原因。
现在的马来人，没有固定的姓，流行以父名为姓，爸爸叫小明，儿子就姓小明。春秋时期有似于此，没有固定的氏，流行以父名为氏，爸爸叫孔父嘉，儿子就以孔为氏。但孔子先祖跟马来人不同的地方在于，他们自打以孔为氏之后，就再也没有见异思迁。
孔子办私学，收的第一批学生当中有位南宫敬叔，此人来头不小，他的爸爸，姓孟名釐子，曾经是鲁国大夫；他的哥哥，姓孟名懿子，正做鲁国大夫。怎么他爸爸姓孟、哥哥姓孟，他自己却姓南宫呢？如前所述，那时候人的姓跟氏是分开的，南宫敬叔仍然姓孟，只因为不是嫡长子，不能继承爸爸的官爵，需要单独给自己改一个氏。大概他是在家里南边那排房里出生的，所以就以“南宫”为氏。